Bagi mereka yang ingin melanjutkan pendidikan ke arah yang lebih spesifik lagi, Program Pascasarjana (PPs) mungkin dapat menjadi pilihan yang tepat. Program Pascasarjana Universitas Nusa Cendana terdiri dari Program Studi berjenjang S2 di bidang : Ilmu Administrasi, Ilmu Peternakan, Ilmu Lingkungan, Ilmu Hukum, Linguistik, Pendidikan IPS, Bahasa Inggris, dan Ilmu Kesehatan Masyarakat. Program Studi berjenjang S3 di bidang : Ilmu Peternakan, dan Ilmu Administrasi.